Microbiote, savez-vous ce que c'est et où il se trouve dans notre corps?

Publié: 17 mai, 2024 | 10'

Notre corps est associé à une population très large et diverse de microorganismes qui vivent sur les surfaces corporelles et dans les cavités qui relient notre organisme à l'extérieur.

Bien que la microbiote intestinale soit la plus largement connue et ait fait l'objet de nombreuses études, il est important de savoir qu'il existe d'autres communautés bactériennes dans notre corps et que toutes sont importantes pour notre bien-être et notre santé.

Dans cet article, nous explorons ce qu'est la microbiote et combien de types existent, avec la biologiste et docteure en nutrition Rita Cava.

Qu'est-ce que la microbiote ?

Le terme microbiote est défini comme une communauté de microorganismes qui habitent de manière stable une localisation spécifique de notre organisme. Elle est principalement composée de bactéries et on estime qu'une personne en bonne santé peut héberger entre 10 et 100 millions de microorganismes, la plupart se trouvant dans l'intestin.

Ces communautés microbiennes interagissent entre elles et avec la surface sur laquelle elles se trouvent. "Il se produit une interaction complexe qui peut être mutualiste ou symbiotique (ils profitent à eux-mêmes et à l'hôte) ou commensale (ils profitent à eux-mêmes, mais pas à l'hôte)", explique la biologiste et docteure en nutrition Rita Cava.

À quoi sert la microbiote ?

"La microbiote permet de reconnaître une personne de manière plus fidèle que les empreintes digitales. En fait, lorsque les microorganismes qui composent la microbiote sont en équilibre ou en homéostasie (eubiose), la santé de l'organisme humain est favorisée et lorsqu'il y a un déséquilibre (dybiose), la probabilité de développer des maladies gastro-intestinales ou immunologiques augmente considérablement", ajoute la spécialiste.

En général, elle remplit trois fonctions de base : fourniture de nutriments essentiels (par exemple des acides aminés, des vitamines), développement du système immunitaire et protection contre les agents pathogènes (antagonisme antimicrobien).

De quoi est composée la microbiote humaine ?

Cette communauté microbienne comprend des bactéries, des champignons et des virus. On estime que la composition de la microbiote humaine est formée d'au moins 40 000 souches bactériennes de 1 800 genres et que la masse estimée de la microbiote (1 à 2 kg dans un corps adulte) est comparable au poids du cerveau humain adulte (environ 1,5 kg).

"Cette microbiote est acquise principalement à la naissance (en accord avec la microbiote maternelle), puis elle se modifie au cours de la croissance et de l'exposition à d'autres facteurs externes", explique l'experte.

Types de microbiotes selon la surface colonisée

La microbiote, en fonction de la surface colonisée ou de son emplacement, se caractérise par des communautés microbiennes spécifiques avec des structures et des fonctions spécialisées.

Ainsi, nous pouvons trouver des microorganismes caractéristiques principalement (par ordre) dans le tractus gastro-intestinal, la cavité buccale, le vagin et la peau. De plus, nous trouvons d'autres microbiotes dans des endroits comme le tractus respiratoire ou la glande mammaire.

Voyons quelques-unes d'entre elles.

La microbiote intestinale et son impact sur la santé

Le tractus gastro-intestinal abrite le plus grand nombre et la plus grande diversité de micro-organismes, contenant au moins 10¹⁴ bactéries d'environ 200 espèces.

Ils sont principalement représentés par les groupes Firmicutes (Clostridium spp., Ruminococcus spp., Peptidococcus spp., etc.) et Bacteroidetes (Bacteroides spp.), qui représentent plus de 70 à 75% du total. Les groupes suivants les plus courants sont Actinobacteria (Bifidobacterium spp.), Proteobacteria et Verrucomicrobia. Les bactéries les plus étudiées du tractus gastro-intestinal sont Lactobacillus spp. (Firmicutes) et Escherichia spp. (Pseudomonadota), bien qu'elles soient présentes en moins grand nombre.

La microbiote intestinale colonise tout le tractus gastro-intestinal:

• Œsophage : il n'y a pas de colonisation permanente dans l'œsophage car c'est un conduit où les aliments ingérés peuvent entraîner des microorganismes éventuels.
• Estomac : les lactobacilles sont principalement présents en faibles concentrations dans l'estomac, principalement en raison de leur capacité à résister à l'environnement acide, bien qu'il n'ait pas été établi s'ils exercent une quelconque activité mutualiste.
• Intestin grêle : dans la partie supérieure de cette section (duodénum), il y a peu de colonisation en raison de l'action de la bile. Dans les sections inférieures (jéjunum et iléon), la présence bactérienne, principalement de lactobacilles, augmente.
• Intestin épais : c'est la section du tube digestif où la densité bactérienne est la plus élevée (50% de la masse fécale est constituée de bactéries), bien que des champignons (levures) puissent également être présents. On estime que chaque individu abrite plus de 500 à 1 500 espèces qui coexistent, ce qui crée un environnement extraordinairement équilibré et stable, et donc résistant aux changements induits de l'extérieur.

Fonctions de la microbiote intestinale

Les processus métaboliques de cette microbiote se produisent par fermentation et dans un environnement anaérobie, c'est-à-dire sans oxygène.

"Du métabolisme de cette microbiote intestinale, une grande quantité de substances est produite, qui non seulement fournissent de l'énergie pour leur propre subsistance, mais sont également utilisées par notre corps pour les processus énergétiques, ainsi que pour la régénération de la barrière intestinale, des cellules intestinales, du fonctionnement des organes et de la modulation du système immunitaire, explique Rita Cava.

La microbiote buccale : porte d'entrée du corps

Les microorganismes présents dans la cavité buccale ne forment pas une communauté stable, mais sont assez variables et sont représentés principalement par au moins 700 espèces de bactéries, de champignons ou autres. Les groupes bactériens les plus représentatifs sont : Actinobacteria (Actinobaculum spp., Atopobium spp., Cryptobacterium spp.), Bacteroidetes (Bergeyella spp., Prevotella spp., Tannerella spp.), Firmicutes (Abiotrophia spp., Anaerococcus spp., Mogibacterium spp.), Proteobacteria (Lautropia spp., Suttonella spp.) et Synergistetes (Jonquetella spp., Pyramidobacter spp.).

La microbiote buccale joue un rôle important dans la protection contre la colonisation de bactéries exogènes qui pourraient nuire à notre santé. Comme l'explique le docteur Cava : "la microbiote buccale varie selon son emplacement et son déplacement dans la bouche, et elle varie également avec l'âge".

• Emplacement : on peut les trouver dans la salive (qui est le principal agent de dispersion des microorganismes à la fois à l'intérieur de la bouche et vers le tube digestif), sur la langue, les dents, le palais et le revêtement muqueux de toute la cavité buccale.
• Déplacement : les microorganismes "préfèrent" certains endroits dans la bouche. Par exemple, Streptococcus mutans est détecté dans la salive, la plaque dentaire et la langue, et leurs déplacements dans ces sites sont liés à des avantages mutuels (bénéfice mutuel).
• Âge : la microbiote buccale varie avec les changements dentaires de l'enfance au vieillissement, ainsi qu'avec les traitements dentaires.
• Renouvellement : la microbiote buccale change non seulement au fil des années, mais aussi au fil des jours, en particulier celle des dents. "Par exemple, le jour 1 d'une semaine, on peut constater la présence de streptocoques, tandis que le jour 7, il peut y avoir la présence de bâtonnets gram-négatifs, de spirochètes, etc.", ajoute Cava.

La microbiote vaginale : équilibre et santé féminine

La microbiote vaginale normale est principalement composée de lactobacilles avec d'autres organismes présents en plus petit nombre (y compris Staphylococcus epidermidis, Corynebacterium spp, Ureaplasma spp, Streptococcus/Enterococcus spp, Gardnerella vaginalis, Candida spp).

La muqueuse vaginale des femmes en âge de procréer contient plus de dix espèces différentes de Lactobacillus, avec une prédominance de L. crispatus, L. gasseri, L. jensenii et L. iners.

La présence des lactobacilles vaginaux est directement liée aux niveaux hormonaux. L'activité métabolique des lactobacilles dans le vagin conduit à un pH normal de 3,8-4,4. De plus, les lactobacilles produisent des substances antimicrobiennes (telles que les bactériocines) et du peroxyde d'hydrogène (eau oxygénée - H₂O_2-), qui inhibent l'adhésion des pathogènes.

"La microbiote vaginale est influencée à la fois par les hormones et l'âge", déclare le Dr Cava. Ainsi, nous constatons qu'il existe une faible quantité de microbiote vaginal pendant l'enfance, qui se développe avec la croissance et la présence d'hormones (œstrogènes et progestérone).

Pendant la ménopause, en raison de la baisse des niveaux d'œstrogène, le microbiote vaginal subit des changements notables, en particulier au niveau des lactobacilles, avec une prédominance de bactéries intestinales et cutanées. Ces changements peuvent entraîner une augmentation des infections gynécologiques.

La microbiote cutanée

Comme nous l'avons vu précédemment, la peau occupe la quatrième place parmi les parties du corps humain colonisées par la microbiote.

L'organe de la peau est densément colonisé par une microbiote diversifiée et très active, qui remplit des fonctions de protection grâce au développement du manteau acide de la peau (ou barrière cutanée).

Dans la peau saine d'un adulte, on peut trouver environ 10⁸-10¹⁰ microorganismes, répartis dans différentes zones cutanées. Par exemple, dans les aisselles, on trouve une concentration élevée allant jusqu'à 10⁶/cm², ou dans les empreintes digitales, on peut en trouver 10²/cm².

Les bactéries sont le groupe le plus abondant, représenté par les Actinobactéries (Corynebacterium spp., Propionibacterium spp.), les Firmicutes (Staphylococcus spp., Streptococcus spp.) et les Protéobactéries (Acinetobacter spp., Methylobacterium spp.). Les levures (Malassezia spp.) sont les espèces les plus abondantes parmi les champignons, et on sait peu de choses sur le rôle que peuvent jouer les virus, que nous pouvons principalement transmettre par nos mains, sur la peau.

"L'activité de la microbiote cutanée stimule le système immunitaire cutané, ce qui empêche l'établissement de souches pathogènes à sa surface ou leur pénétration dans notre corps", affirme la spécialiste.

La microbiote du tractus respiratoire

Un autre endroit qui abrite sa propre microbiote est le tractus respiratoire. Les voies respiratoires d'un adulte ont une surface d'environ 70 m², soit 40 fois plus grande que la surface de la peau. Toute cette surface est colonisée par des communautés bactériennes qui varient à chaque segment du tractus respiratoire.

Les densités bactériennes les plus élevées sont observées dans la partie supérieure du tractus respiratoire (qui comprend le nez, la gorge et le larynx), informe la spécialiste. Les bactéries les plus couramment trouvées, de la partie supérieure à la partie inférieure du tractus, sont : Staphylococcus spp., Propionibacterium spp., Moraxella spp., Streptococcus spp., Haemophilus spp., Prevotella spp., Veillonella spp., entre autres. Les adénovirus et les champignons (Aspergillus spp. ou Candida spp.) peuvent également être présents.

Fonctions de la microbiote respiratoire

La microbiote du tractus respiratoire supérieur est une première étape pour bloquer la colonisation possible par des souches pathogènes, évitant ainsi les infections respiratoires. On appelle cela "résistance à la colonisation".

Ainsi, "la microbiote respiratoire pourrait également être impliquée dans le maintien de l'homéostasie (équilibre) de la fonction respiratoire et de l'immunité", affirme la spécialiste.

La microbiote de la glande mammaire

Une autre résidence représentative de la microbiote est celle que nous trouvons dans les glandes mammaires.

Les glandes mammaires sont des structures muqueuses et très humides avec un système complexe de canaux, qui, pendant la fin de la grossesse et tout au long de la période de lactation, deviennent un environnement idéal pour la croissance bactérienne en raison de la disponibilité de nutriments et de la température optimale pour de nombreux microorganismes.

De plus, la structure mammaire est exposée à l'extérieur par le mamelon, qui contient une microbiote aux caractéristiques cutanées.

Flore bactérienne du lait maternel

Le lait maternel contient entre 10⁵ et 10⁷ bactéries, les genres les plus courants étant Staphylococcus spp., Streptococcus spp., Lactococcus spp., Propionibacterium spp., Lactobacillus spp. et Bifidobacterium spp.

Cette flore microbienne est considérée comme "des probiotiques maternels". De plus, le lait maternel contient également des prébiotiques qui stimulent sélectivement la croissance bactérienne et colonisent l'intestin du nouveau-né.

"Les bienfaits de l'allaitement maternel sont essentiels pour la maturation intestinale de l'enfant et confèrent des effets immuno-modulateurs, ainsi que des effets positifs sur le développement intellectuel", conclut la spécialiste Rita Cava.

Autres microbiotes dans notre organisme

Bien que cet article ait examiné les communautés microorganismes les plus importantes, il est important de souligner que "toutes les muqueuses de notre corps sont colonisées par des microorganismes, de sorte que la colonisation bactérienne ou d'autres espèces est également présente, par exemple dans les yeux, les oreilles ou l'urètre, des organes qui présentent également des populations microbiennes spécifiques", souligne Cava.

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Contenu élaboré par les spécialistes de l'Unité d'Information Scientifique de MARNYS en collaboration avec le Dr Rita Cava. Cet article est informatif et ne remplace pas la consultation d'un spécialiste.